Ridom SeqSphere (FBI-Zoo)
Für den deutschlandweiten Forschungsverbund FBI-Zoo wurde von der Firma Ridom (Münster) zusammen mit dem Universitätsklinikum Münster die Software SeqSphere zur Speicherung von epidemiologischen Daten und DNA-Sequenzdaten entwickelt.
Meine Aufgabe am Universitätsklinikum Münster war von 2008-2011 der Entwurf und die Entwicklung neuer Komponenten, die speziell für das Verbundprojekt benötigt wurden. Darüber hinaus war auch die Administration des Servers und die Schulung der Mitarbeiter der Projektpartner meine Aufgabe.
Die Software ist als Client-/Server-Anwendung realisiert. Ein zentraler Server speichert die Daten und kann von mehreren Clients angefragt werden. Verschiedene Rollen und Gruppen regeln die Zugriffsrechte für eine Vielzahl von Benutzern.
Die epidemiologischen Daten werden durch eine Plausibilitätsprüfung kontrolliert. Unterschiede in den Daten (z.B. Isolat vom Mensch oder vom Tier) resultieren in kleinen Änderungen der Eingabemaske. Für fehlerhafte Eingaben können Warnmeldungen angezeigt werden.
Meine Aufgabe am Universitätsklinikum Münster war von 2008-2011 der Entwurf und die Entwicklung neuer Komponenten, die speziell für das Verbundprojekt benötigt wurden. Darüber hinaus war auch die Administration des Servers und die Schulung der Mitarbeiter der Projektpartner meine Aufgabe.
Die Software ist als Client-/Server-Anwendung realisiert. Ein zentraler Server speichert die Daten und kann von mehreren Clients angefragt werden. Verschiedene Rollen und Gruppen regeln die Zugriffsrechte für eine Vielzahl von Benutzern.
Die epidemiologischen Daten werden durch eine Plausibilitätsprüfung kontrolliert. Unterschiede in den Daten (z.B. Isolat vom Mensch oder vom Tier) resultieren in kleinen Änderungen der Eingabemaske. Für fehlerhafte Eingaben können Warnmeldungen angezeigt werden.
Karte der FBI-Zoo Partner
Technik
Sowohl Client als auch Server sind als Java-Anwendungen umgesetzt. Die Kommunikation zwischen Client und Server wird durch Spring übernommen. Der Client wurde mit Swing-Komponenten entwickelt. Die Serverkomponente läuft mit einem Tomcat oder Jetty Servlet Container. Zur Datenspeicherung wird eine MySQL-Datenbank mit Hibernate verwendet.Für die Plausibilitätsprüfung habe ich den Java Compiler Compiler (JavaCC) verwendet um einen Formelparser mit eigenen Funktionen umzusetzen (
verwendete Steuerungsdatei öffnen).
Verschiedene Darstellungen zur Auswertung der Sequenzdaten wurden durch mich entwickelt, beispielsweise die Anzeige von Verwandtschaften als phylogenetischer Baum oder als Minimum Spanning Tree.
Screenshots
Einige Screenshots. Zum Vergrößern bitte anklicken.
Eingabemaske mit
Plausibilitätsprüfung
Minimum Spanning Tree
Neighbor-Joining Tree