SeqSphere (NGS)

SeqSphere (Next-Generation Sequencing)

Die Software  Ridom SeqSphere wurde unter meiner Mitarbeit seit 2011 zur Analyse von Next-Generation Sequencing Daten (NGS) erweitert.

Zu meinen Aufgaben gehörte die selbständige Entwicklung von Komponenten und neuen Funktionen sowie Optimierungen in der Datenbankstruktur. Neben der Unterstützung für verschiedene Assembly-Dateiformate wurden von mir externe Assembler (Velvet, BWA) eingebunden und ein Geoinformationssystem (GIS) umgesetzt .

Bei der Analyse der NGS Daten fallen eine Vielzahl von Ergebnissen an, die durchsuchbar sein sollen. Hierzu entwickelte ich ein effizientes Verfahren, das es erlaubt mehrere tausend Ergebnisse pro Datensatz schnell in der Datenbank zu durchsuchen und auszulesen.

Weiterhin gehörte die komfortable Anbindung von Webservices an die Software zu meinem Aufgabenbereich.

Um neuen Benutzern den Einstieg in die Software zu erleichtern führen meine Kollegen und ich europaweite Schulungen über ein Desktop-Sharing Programm durch, bei denen wir den Benutzern zeigen wie sie ihre eigenen Daten effektiv analysieren können.

Technik

Sowohl Client als auch Server sind als Java-Anwendungen umgesetzt. Der Client wurde mit Swing-Komponenten entwickelt. Die Serverkomponente läuft mit einem Jetty Servlet Container. Zur Datenspeicherung wird Hibernate zusammen mit einer HSQLDB-Datenbank verwendet.

Alle rechenintensiven Aufgaben werden auf dem Client ausgeführt, der Server dient vor allem zur Datenhaltung. Um moderne Prozessoren besser auszulasten, habe ich viele Berechnungen für Multi-Threading angepasst, u.a. auch Aufrufe einer nativen BLAST-Bibliothek mittels JNI.

Mit Hilfe eines Service-Wrappers in C# kann der Server in einen Windows System als eigener Dienst im Hintergrund laufen.

Screenshots

Einige Screenshots. Zum Vergrößern bitte anklicken.

Links

Produkthomepage:  http://www.ridom.de/seqsphere